Праћење и проучавање узрока поремећаја здравља и предузимање мера за њихово спречавање и сузбијање су основна делатност  Центра  за превенцију и контролу болести. Центар своје активности реализује у оквиру организационих јединица: Одељења за заразних болести и Одељења за незаразне болести.

Одељење за заразне болести:

• прикупља, обрађује и анализира податке о кретању заразних болести, на основу којих врши анализу и процену епидемиолошке ситуације
• предлаже и спроводи мере у циљу спречавања, раног откривања, сузбијања игашења епидемија заразних болести
• пружа стручно-методолошку и консултативну помоћ здравственим установама из делокруга свога рада;
• планира, организује и прати спровођење обавезне имунизације
• организује и спроводи имунизацију по епидемиолошким и клиничким индикацијама на нивоу целог Округа
• прати и проучава вакцином превентабилне болести,споводи надзор над акутном флакцидном парализом и мере из програма одржавања статуса земље без полиомијелитиса
• спроводи надзор над болничким инфекцијама и учествује у раду комисија за превенцију болничких инфекција;
• у оквиру одељења функционише Саветовалиште за ХИВ и друге полно преносиве болести по принципу добровољног,поверљивог, саветовања и тестирања (ДПСТ);
• поставља индикације за примену антирабичне заштите у оквиру антирабичне амбуланте
• спроводи  активности-кампање, везане за Календар здравља: Недеља имунизације, Светски  дан борбе против ХИВ/АИДС-а, Светски дан борбе против туберкулозе и друге.
• спроводи промоцију здравља путем предавања, радионица, индивидуалног рада са пацијентима, члановима њихових породица и клијентима у саветовалишту
• врши  информисање и едукацију јавности путем средстава јавног информисања
• спроводи здравствене прегледе одређених категорија запослених-санитарне прегледе у својој установи, или, по захтеву клијента, на терену;
• у оквиру одељења функционише и Одсек за ДДД, који обавља послове из области дезинфекције, дезинсекције и дератизације по епидемиолошким индикацијама и по захтевима клијената.