Centar za mikrobiologiju se sastoji iz dve organizacione celine, odeljenje za sanitarnu mikrobiologiju i odeljenje za kliničku mikrobiologiju kao i odseka za pripremu hranljivih podloga. Poslovi odeljenja za sanitarnu mikrobiologiju obuhvataju ispitivanje uzoraka životnih namirnica, voda i predmeta opšte upotrebe koji potiču od širokog spektra korisnika naših usluga u cilju permantentne kontole proizvodnje i prometa kao i utrvrđivanje mikrobioloških uzročnika i rezervoara epidemija kao i puteva njihovog prenošenja iz uzoraka nehumanog porekla. Laboratorije sanitarne mikrobilogije su dokumentovale i dosledno primenile zahteve stanarda kontrole kvaliteta ISO 9001/2001 istovremeno sa ostalim celinama našeg Zavoda.
Shodno očekivanjima tržišta i našim željama da usluga koju pružamo ima merljiv i konstantan kvalitet primenjeni su zahtevi standarda ISO 17025/2006. Delokrug rada odeljenja za kliničku mikrobiologiju je laboratorijsko ispitivanje uzoraka humanog porekla iz oblasti medicinske bakteriologije, parazitologije, mikologije, dijagnostike tuberkuloze kao i serološke dijagnostike virusnih, bakterijskih i parazitarnih uzročnika bolesti u čemu nam pomaže najsavremenija oprema i dobro obučeno osoblje Svi zahtevi standarda kvaliteta ISO 9001/2001 su implementirani i dosledno se sprovode i na kliničkoj mikrobilogiji koja je u poslednjih dve godine uvela i primenjuje američki standard za ispitivanje antimikrobne osetljivosti CLSI, čime su postupci utvrđivanja najefikasnije antibiotske terapije značajno dobili na kvalitetu na zadovoljstvo lekara iz klinčke prakse kao i nas koji svakodnevno obavljamo pomenute postupke. Sve komponente unutrašnje kontole kvaliteta su inperativ i dosledno se sprovode u svim laboratorijama Centra. Najveći deo usluga klinička mikrobiologija obavlja na zahtev RZZO za potrebe primarne zdravstvene zaštite, specijalisičkih ambulanti kao i domova zdravlja pod nadleštvom lokalne filijale zdravstvenog osiguranja. Za potrebe ZC Studenica obavljamo široki spektar usluga mikrobiološke dijagnostike a takođe učestvujemo i u komisiji sa kontolu, prevenciju i nadzor nad bolničkim infekcijama
Ministarstvo zdravlja RS je prepoznalo poslove medicinske mikrobiologiju u svom projektu Poslovi od opšteg interesa u oviru programa Mikrobiologija javnog zdravlja gde je uloga mikrobiologije u ispitivanju i otkrivanju uzročnika i rezervoara epidemija kao i puteva prenošenja, zatim u pregledu lica koji dolaze sa podrčja endemskih žarišta i postupcima praćenja rezstencije mikroorganizama od značaja Kontinuiranoj edukacije se posvećuje posebna pažnja a u poslednje dve godine, pored redovnih stručnih sastanaka, kongresa i seminara u ovom segmentu posebnu zahvalnost dugujemo projektu Unapređenje laboratorijskih usluga u Srbiji koji vodi EAR i konsultantska kuća EPTISA pod pokroviteljstvom ministarstva zdravlja RS a finansirana od strane evropske unije.
U okviru projekta je organizovana serija obuka i radionica iz oblasti kliničke mikrobiologije kako u zemlji tako i u inostranstvu sa učešćem stručnjaka našeg Zavoda. Pomenuti projekat je pripremio i organizovao prvo međulaboratorijsko ispitivanje iz oblasti kliničke mikrobilogije u Srbiji, u kome je učestvovalo 45 laboratorija iz cele zemlje gde je i naša laboratorija sa uspehom uzela učešće Takođe, zahvaljujući projektu, laboratorijama mreže ZJZ je donirana savremena oprema tako da je i Zavod obnovio svoje laboratorije centra za mikrobiologiju opremom vrednom preko 70.000 evra Laboratorije sanitarne mikrobiologije su u potpunosti renovirane i adaptirane u toku pripreme za akreditaciju dok su prostoirije kliničke mikrobiologije rekonstruisane tokom ove godine. Prijemno odeljenje je renovirano u potpunosti a sve laboratorije su preuređene i adaptirane shodno zahtevima standarda. Iako smo dosada postignutim rezutatima unapređenja kvaliteta rada i obima usluga zadovoljni, naši planovi za budućnost se sastoje u daljem unapređenju laboratorijske dijagnostike, uvođenjem novih metoda i svakako, održavanjem postojećeg nivoa kvaliteta usluga.
Međunarodni standard za ocenu kompetentnosti laboratorija za medicinska ispitivanja ISO 15189/2005 jošuvek nije publikovan od strane ATS-a ali je radna verzija njegovog prevoda trenuno na stručnoj ekspertizi tako da naša laboratorija za kliničku mikrobiologiju sa nestrpljenjem očekuje njegovo objavljivanje jer se najveći deo zahteva ovog stadarda već primenjuje. Tako bi i ovaj deo laboratorija Zavoda poneo prestižno obeležje akreditovane laboratorije i svrstao se u sami vrh mikrobiološke dijagnostike Srbije gde inače i pripada.