Центар за микробиологију се састоји из две организационе целине, одељење за санитарну микробиологију и одељење за клиничку микробиологију као и одсека за припрему хранљивих подлога. Послови одељења за санитарну микробиологију обухватају испитивање узорака животних намирница, вода и предмета опште употребе који потичу од широког спектра корисника наших услуга у циљу пермантентне контоле производње и промета као и утрврђивање микробиолошких узрочника и резервоара епидемија као и путева њиховог преношења из узорака нехуманог порекла. Лабораторије санитарне микробилогије су документовале и доследно примениле захтеве станарда контроле квалитета ИСО 9001/2001
истовремено са осталим целинама нашег Завода.

Сходно очекивањима тржишта и нашим жељама да услуга коју пружамо има мерљив и константан квалитет примењени су захтеви стандарда ИСО 17025/2006. Делокруг рада одељења за клиничку микробиологију је лабораторијско испитивање узорака хуманог порекла из области медицинске бактериологије, паразитологије, микологије, дијагностике туберкулозе као и серолошке дијагностике вирусних, бактеријских и паразитарних узрочника болести у чему нам помаже најсавременија опрема и добро обучено особље Сви захтеви стандарда квалитета ИСО 9001/2001 су имплементирани и доследно се спроводе и на клиничкој микробилогији која је у последњих две године увела и примењује амерички стандард за испитивање антимикробне осетљивости ЦЛСИ,  чиме су поступци  утврђивања најефикасније антибиотске терапије значајно добили на квалитету на задовољство лекара из клинчке праксе као и нас који свакодневно обављамо поменуте поступке. Све компоненте унутрашње контоле квалитета су инператив и доследно се спроводе у свим лабораторијама Центра. Највећи део услуга клиничка микробиологија обавља на захтев РЗЗО за потребе примарне здравствене заштите, специјалисичких амбуланти као и домова здравља под надлештвом локалне филијале здравственог осигурања. За потребе ЗЦ Студеница обављамо широки спектар услуга микробиолошке дијагностике а такође учествујемо и у комисији са контолу, превенцију и надзор над болничким инфекцијама

Министарство здравља РС је препознало послове медицинске микробиологију у свом пројекту Послови од општег интереса  у овиру програма Микробиологија јавног здравља где је улога микробиологије у испитивању и откривању узрочника и резервоара епидемија као и путева преношења, затим у прегледу лица који долазе са подрчја ендемских жаришта и поступцима праћења резстенције микроорганизама од значаја  Континуираној едукације се посвећује посебна пажња а у последње две године, поред редовних стручних састанака, конгреса и семинара у овом сегменту посебну захвалност дугујемо пројекту Унапређење лабораторијских услуга у Србији који води ЕАР и консултантска кућа ЕПТИСА под покровитељством министарства здравља РС а финансирана од стране европске уније.

У оквиру пројекта је организована серија обука и радионица из области клиничке микробиологије како у земљи тако и у иностранству са учешћем стручњака нашег Завода. Поменути пројекат је припремио и организовао прво међулабораторијско испитивање из области клиничке микробилогије у Србији, у коме је учествовало 45 лабораторија из целе земље где је  и наша лабораторија са успехом узела учешће Такође, захваљујући пројекту, лабораторијама мреже ЗЈЗ је донирана савремена опрема тако да је и Завод обновио своје лабораторије центра за микробиологију опремом вредном преко 70.000 евра Лабораторије санитарне микробиологије су у потпуности реновиране и адаптиране у току припреме за акредитацију док су простоирије клиничке микробиологије реконструисане током ове године. Пријемно одељење је реновирано у потпуности а све лабораторије су преуређене и адаптиране сходно захтевима стандарда. Иако смо досада постигнутим резутатима унапређења квалитета рада и обима услуга задовољни, наши планови за будућност се састоје у даљем унапређењу лабораторијске дијагностике, увођењем нових метода и свакако, одржавањем постојећег нивоа квалитета услуга.

Међународни стандард за оцену компетентности лабораторија за медицинска испитивања ИСО 15189/2005 још увек није публикован од стране АТС-а али је радна верзија његовог превода тренуно на стручној експертизи тако да наша лабораторија за клиничку микробиологију са нестрпљењем очекује његово објављивање јер се највећи део захтева овог стадарда већ примењује. Тако би и овај део лабораторија Завода понео престижно обележје акредитоване лабораторије и сврстао  се у сами врх микробиолошке дијагностике Србије где иначе и припада.